A phylogenetic analysis of Xanthomonas species based upon 16S–23S rDNA intergenic spacer sequences, by Edmilson R. Gonçalves and Yoko B. Rosato
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology vol. 52, part 2, pp. 355-361
Alignment of sequences from Xanthomonas species and Stenotrophomonas maltophilia
Dots represent nucleotides corresponding to the consensus sequence. Dashes represent the absence of a nucleotide. X. axonopodis*; X. axonopodis pv. passiflorae LMG 3151.
1. tRNAAla gene sequences
Base position 1 11 21 31 41 51 61 71 81
X. albilineans ......A... .......... G......... .......... .......... .......... ........T. .......... .
X. arboricola .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. axonopodis .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. axonopodis* .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. bromi .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....-.... .
'X. gardneri' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... -
X. campestris .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. cassavae .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......G... .
X. codiaei .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .........A .........C .
X. cucurbitae .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. fragariae .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. hortorum .......... ....-..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. hyacinthi ......A... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .
X. melonis .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. oryzae .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. pisi .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... .
X. sacchari ......A... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .
X. theicola .........- .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .
X. translucens ......A... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .
X. vasicola .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
X. vesicatoria .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .
S. maltophilia -......... .......... .......... .......... .......-.. .......... .......... .-........ .
Consensus GGGGCCTTAG CTCAGCTGGG -AGAGCACCT GCTTT-GCAA GCAGGGGGTC GTCGGTT-CG ATCCCGACA- GGCTCCACC- A
2. tRNAIle gene sequences
Base position 1 11 21 31 41 51 61 71 81
X. albilineans .......... .......... .......... .......... .......... C..-...G.. ...G...CT. .......... ..
X. arboricola .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..
X. axonopodis ........G. .....--... .......... .......... A......... GAA....G.. .......CT. .......... ..
X. axonopodis* .......... .......... .......... .......... .......... .......G.. .......CT. .......... ..
X. bromi .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........-. .......... ..
'X. gardneri' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..
X. campestris .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..
X. cassavae .......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..
X. codiaei .......... .......... .......... .......... .......... CC.-...G.. .......CT. .......... ..
X. cucurbitae .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..
X. fragariae .......... .......... .......... .......... .......... .......G.. .......CT. .......... ..
X. hortorum .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..
X. hyacinthi .......... ......-... .......... .......... ...-....-. .......G.. .......CT- ...A...... ..
X. melonis .......... .......... .......... .......... ...-...... .......G.. .......CTT .......... ..
X. oryzae .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..
X. pisi .......... .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... ..
X. sacchari .......... .......... .......... .......... .......... .......G.. .......CT. .......... ..
X. theicola .......... ......-... .......... .......... .......... .......G.. .......CT. .......... ..
X. translucens .......... .......... .......... .......... .......... .......G.. .......CT. .......... ..
X. vasicola .......... .......... .......... .......... .......... ......-... .......... .-........ ..
X. vesicatoria .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..
S. maltophilia .......... .......... .....-.... ...-...... .......... .......... .......... .......... ..
Consensus GGGTCTGT-A GCTCAGGTGG TTAGAGCGCA CCCCTGATAA -GGGTGAGGT ---CGGTAGT TCGAGTCTAC CCAGACCCAC CA
3. ITS1 sequences
Base position 1 11 21 31 41 51
X. sacchari .......... .......... .........A G.TC-CAT.- CTGTCA.... .........G
X. albilineans .......... .......... .........A G.T...A..- .....A.... .........G
X. axonopodis* .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. axonopodis .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. cassavae .......... .......... .......... .....T..T. .......... ..........
X. cucurbitae .......... .......... .......... .......... T..-...... ..........
X. hortorum .......... .......... .......... ....T..... .......... ..........
X. pisi .......... .......... .......... .......... T..-...... ..........
X. oryzae .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. bromi .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. campestris .......... .......... .......... .T..T..... .......... ..........
X. vasicola .......... .......... .......... ....T..C.. .......... ..........
'X. gardneri' .......... .......... .......... .......... T..-...... ..........
X. arboricola .......... .......... .......... .......... T..-...-.. ..........
X. vesicatoria .......... .......... .......... .......... T..-...... ..........
X. melonis .......... .......... .......... .......... T..-...... ..........
X. fragariae .......... .......... .......... ....T..... .......... ..........
X. codiaei .......... .......... .......... ........C. T..-...... ..........
X. hyacinthi .......... .......... .........A G.-.A..C.- .....A.... .........G
X. theicola .......... .......... .........A G.-CC..C.- .....A.... .........G
X. tranlucens .......... .......... .........A G.-.A..C.- ..A-.A.... .........G
S. maltophilia .......... .......... ....AA...A G......... .......... ..........
Consensus GGCTGGATCA CCTCCTTTTG AGCAT-GACG TCAT-CGT-C CTGTCGGGCG TCCTCACAAA
Base position 71 81 91 101 111 121
X. sacchari .A........ .......--- G.T...C... ...G...AGC A.CCC....A .A..---.-.
X. albilineans .A........ .......--- G.TT..C..T G..G...A.C A.CCC....A .A..---.-.
X. axonopodis* .......... ........G. G..T...... ...C.A.... ........A. ....A.CA..
X. axonopodis C......... ........G. G..T...... ...C...... ........A. ....A.CA..
X. cassavae .......... .......... .......... .......... .......... ......CA..
X. cucurbitae .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. hortorum .......... .......... .......... .......... ........A. ..........
X. pisi .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. oryzae .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. bromi .......... .......... .......... .......... .......... .......A..
X. campestris .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. vasicola .......... .......... .......... ...C...... ........A. ..........
'X. gardneri' .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. arboricola .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. vesicatoria .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. melonis .......... ........G. G......... .......... ........A. ....A.CA..
X. fragariae .......... ........A. ...T...... .......... ........A. ....A.AA..
X. codiaei .......... ........G. G..T...... ...C...GG. ........A. ....A.CA..
X. hyacinthi .C........ .......--- G.T...C... ...G...G-C A....---.- C..GA..TC.
X. theicola .G........ ........-- G.T...C... C..G...GGC A....---.- C..GA.GTC.
X. translucens .A........ .......--- G.T...C... G..G...AGC A....---.- C..GA..TC.
S. maltophilia G......... .......A.. .C.A....-. ...C..--.. .T.....GA. ........-T
Consensus TTACCTGCAT TCAGAGATTC ATACCGGCAC AGGTCGGTAT GC---GAA-G TCCCTTT-TG
4. ITS3 sequences
Base position 1 11 21 31 41 51 61
X. sacchari .......... ....TC.... ....-..... .......... .....-C... G...A..... ..C.T.AG.G
X. albilineans .......... ....TC.... ...G-..... .......... GA...AT... G....C.... ..C.G..T.G
X. axonopodis* .......... .......... .......... .......... ......C... ...C...... ..........
X. axonopodis .......... .......... .......... ......C... .......... ...C...... ..........
X. cassavae .......... .......... .......... .......... ......C... ...C...... ..........
X. cucurbitae .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....-..---
X. hortorum .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..........
X. pisi .......... .......... .......... .......... ......C... ...C...... .T........
X. oryzae .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. bromi .......... .......... .......... .......... ......C... ...C...... ...AG..-..
X. campestris .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. vasicola .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..........
'X. gardneri' .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......T...
X. arboricola ...G..AG.. .......... .......... .......... .......... .......... ......T...
X. vesicatoria .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....G.T..G
X. melonis .......... .......... ........TA AACG..A... ...C.ATCA. .......... ....G.T..-
X. fragariae .......... .......... .......... .......... ...C.A.... .......... ......TG.G
X. codiaei .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....G.T..G
X. hyacinthi .......... ...T.AA... ...G-..... ....G....A GA...CGC.. ....AG.... -..--..G.G
X. theicola .......... ...C.AAG.. ....-..... .......... GAC..CGC.. ....A..... -..TGG.G.G
X. translucens .......... ...A.AAG.. ....-..... .........A .G...CG-.- --..AG.... -..--G.GT.
S. maltophilia TT........ .AC..CA.T. ..T.CG.T.. ...C--.... ...C.C.... ....AC..T. ....G.T..G
Consensus --CTCTGAAT GTA-GTG-CA CACTTAAG-- ----AATTT- ATATGGAT-C AGC-GTTGAG GCTGA-GACA
Base position 71 81 91 101 111 121 131
X. sacchari .......... ...T...... T......... ......AGA. C.AA..-... C-........ ......T...
X. albilineans .......... ...T.A.... T......... ......AGA. C.ATAC-... CG........ ......T...
X. axonopodis* .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. axonopodis .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....A.....
X. cassavae ...-...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. cucurbitae .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. hortorum .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...-......
X. pisi .......... ........A. .......... .......... .......... .......... ..........
X. oryzae .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. bromi .......... .......... ..C....... .......... .......... .......... .....-GA..
X. campestris .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. vasicola .......... .......... ........A. ......G... .......... .......... ..........
'X. gardneri' .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. arboricola .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. vesicatoria .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. melonis ...GTC.... ...----... ....-..... .......... .......... .......... ..........
X. fragariae .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. codiaei .......... ......A... .......... .......... .......... ...A...... C.........
X. hyacinthi ...C--.... A..-...... ....-...A. ..-------- ---------- ---.------ .---.-----
X. theicola ...C--.... A..-...... ....-.CGA. ....GAG.T. AC.ATCTCGA C-G.TC.CGT ...-.--...
X. translucens .......... A..-...... ...G-GCGA. .....-G... .CAA....CT G-........ ...-.--.TG
S. maltophilia .......... A......... .......... .......... .G.T.....- .G........ ...-......
Consensus TGTTCTTTTA TAACTTGTGA CGTAGCGA-G CGTTTG-AGA TAT-CTATCT AAA-CGTGTC -GTT-GAGGC
Base position 141 151 161 171 181 191 201
X. sacchari .......... .......... ........G. -......... .....T..A. G........C CA-.-.....
X. albilineans .......... .......... .......... -..T...... .....T..AA G........C C.-.......
X. axonopodis* .........C .......A.. ........G. -......... .......... ...-.-.... ....C....G
X. axonopodis .......... .....T.A.. AT........ .......... .......... .....C.... .........G
X. cassavae .........- .......A.. .......... .......... .......... ...-C-.... ......A..G
X. cucurbitae .........C .......... ........G. -......... .......... ...-C-.... ....C.-..G
X. hortorum .........- .......A.. .......... ........A. .......... ...CC-.... ..-.......
X. pisi ........A. ......T... ..C....... .......... .......... .......... ..........
X. oryzae .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. bromi .......... .....CGA.. .......... .......... .......... ..TC...... ..........
X. campestris .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. vasicola .......... .......... .......... .......... .......... ...C..--.. ..........
'X. gardneri' .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. arboricola .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. vesicatoria .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
X. melonis .......... .......A.. TTG.A..CC. .......... .......... .......... .........G
X. fragariae .......... ......A... .........G .......... .......... .......... ..........
X. codiaei .......... G......... ........G. -......... .......... .......... ..........
X. hyacinthi ------...- .......A.. ..-T....G. -.GT.-.... .T......AA A-.-.....C C.-...G..G
X. theicola .........- ......-... ..-T....G. -.GT--.... ........CG T-.-.....C ---...G..G
X. translucens C..A.....- .......... C.-T....G. -....-.... ........AG T..-.....C C--...G..G
S. maltophilia .......A.A G..GC.-A.. ....T..TT. .TG....... .....T..A. ......TA.C C.-.......
Consensus TAAGGCGGGG -ACTT-CGAG --TCCCTAAA T-AATTGA-G T-CGT-ATG- -T-TCGCGTT GGTGGC-TTT
Base position 211 221 231 241 251 261
X. sacchari .......-.. ...TG--..T GA.--AT... ..GA..TT.. .......... .A........
X. albilineans .......-.. ...TGG-..T G..--AT... ..GA..TT.. .......... .A........
X. axonopodis* .......G.. .....--... .....GT..T ..G....... .......... ..........
X. axonopodis .......... .....--... ....ACTG.T ..GA...T.T .......... ..........
X. cassavae .......... .......... ....ACTGAT ..G.A..T.. .......... ....G.....
X. cucurbitae .......G.. .....--... .....GT..T ..GA...... .......... ....G.....
X. hortorum .....A.... .......... .....GT..T ..G....... .......... ....T.AG..
X. pisi .......... .......... ......T... ....TT.... .......... .....-....
X. oryzae ....T..... .......G.. ......T... .....T.... .......... ..........
X. bromi .......... .......... ....-GTACA G......... -A........ ..........
X. campestris .......... .......... ..TAC.T... G.G-.T..-. .......... ..........
X. vasicola ......-... .......... ..TA..T... G..A.T.... .......... ..........
'X. gardneri' .......... .......... ...A..T... G..A.T.... .......... ..........
X. arboricola .......... .......... ......T... G....T.... .......... ..........
X. vesicatoria .......... .......... ..TA..T... G....T.... .......... ..........
X. melonis .......... ......-... ..TT..T... .....T.... ....CG.AC. ..........
X. fragariae .......... .......... ......T... .....G.... .......... ..........
X. codiaei .......... .......... ......T... G.GA...... .......... ..........
X. hyacinthi ......--.. .....----- G-.---T... -...A..T.. .......... -A........
X. theicola TCC...G--A CTT..----- G-.---CA.. -..A..TT.. .......... .A........
X. translucens -......GGA CTT..----- G-.---CA.. -.GC.ATT.. .....-.... -.........
S. maltophilia .......-.. ....GGGTCG T..---T... G..A...A-. .......... .C........
Consensus GTACCCCA-- ---CACAACA CG-GCAT--- ATAGCCCCG- AGGCAAC--- GGGG-TTATA
